Segera setelah penerbitan Fabrica , Vesalius diundang sebagai doktor kerajaan untuk Charles V.

Selepas dua belas tahun Vesalius bersama kerajaan , merawat luka dan kecederaan dari perang atau perlawanan , melakukan pembedahan , dan menulis pelbagai surat peribadi mengenai masalah perubatan . Ia pun menulis Radicis Chynae , sebuah teks pendek mengenai tumbuhan perubatan .

Pada 1564 , ia berziarah ke Tanah Suci . Ketika ia tiba di Jerusalem , ia mendapat mesej dari Senat Venice agar ia menerima tawaran profesor dari Padua , yang tengah kosong setelag kematian temannya Gabriele Fallopio .

Saat berlayar , ia mengalami kemalangan di pulau Zakynthos . Di sinilah ia meninggal dalam usia limapuluh tahun .